不同的软件安装方式也不完全相同。
如 InstallShield 和 Wise ， INNO ，NSIS 等多种打包方式。
利用这些打包方式，可以很容易地将若干文件和文件夹打包成安装程序。

如果复杂一些的软件，还可能在安装程序中加入对注册表的改动，文件关联的新建，共享 DLL 的添加（到 System32 等目录），还有 DLL 的注册等等。以及比较敏感的注册信息。

在运行安装程序的时候，会在安装时选择的安装路径中释放出安装程序包里面包含的文件，文件夹等。并执行安装脚本（加入注册表，注册 DLL，添加关联等等）。同时建立反向安装的卸载程式。

有一些软件可以无需安装，直接从安装程序包里面提取包含的文件。比如：Universal Extractor 等。但是提取出来的不一定可用，因为有些安装脚本内容是必须的。（比如注册表信息等）

也可以手动编写安装程序，个人觉得比较复杂。（至少我没有干过~~）

如果楼主安装过 Visual Studio 的话，可以利用它建立 Windows Installer 的打包安装程序 *.msi 。（不是可执行文件）

我的理解：
安装文件主要目的就是安装完成后让软件能正常工作（废话），这就需要判断软件工作的话需要什么？数据库？共享dll？数据、图标资源？控件？等等，判断完之后，用一些软件，比如install shield就可以将这些资源全部整合，加上软件本身的一些内容，形成一个安装包；
这个安装包就包含了所有内容（也不一定是所有，可能有很多共享文件并没有在安装包里面，比如一些windows的支持文件），安装包安装的时候就会做你整合安装包时候需要它做的一些动作，比如将文件拷贝到某个目录下面，注册某些键值，安装某些服务，形成开始菜单，形成快捷方式等等；
这些只是我的一些浅陋之谈，关于做安装包的方法视你的需要了，简单的，你甚至可以用一个winrar压缩成可执行文件，复杂的话，用一些工具编写一些脚本也可以完成！
我常用的是install shield，讲这个软件的教程很多，就不需要我来讲了，我懂得也只是皮毛。。

呵呵，多谢，两位指教！小弟谢了。