的确不好意思 --- 问题已经解决，现在至少搞清楚了：

窗体的图标与程序的图标不是一回事。从窗体的特性里设置图标只是为窗体本身，换句话说，不能从窗体的图标设定中来设定程序的图标。那么程序的图标从哪里设置呢？是从项目-〉应用-〉应用图标中指定。

那为什么出现问题？这是因为两个VS在这个方面的确有所区别以及我使用的习惯。
首先，VS 2005不象VS 2003,它不会自行产生图标App.icn --- VS 2003用这个做为默认的程序图标，所以，就象我做的那样，用自己的图标覆盖这个App.icn，而且把窗体的图标也设定成这个，这样就给我一个错觉，认为从窗体的图标设定中可以同时设定程序的图标，或者说，程序图标就是用的窗体图标。实际是两回事，只是我使它们用了同一个图标App.icn而已。那么为何在VS 2005中行不通，是因为VS 2005不产生这个App.icn，程序图标得单独从项目-〉应用-〉应用图标中设定。

花了四个小时搜寻答案。发现这个网站就是一个附加结果。