我试了一下，每次运行差不了多少时间。如果要是差距比较大，可能是前面的变量对后面的有影响，或是没有预分配矩阵空间。
tic
H=ones(5,10000);
for i=1:5
    for j=1:10000
        H(i,j)=1/(i+j-1);
    end
end
toc

我 机子上运行结果：
>> tt1
Elapsed time is 0.000000 seconds.
>> tt1
Elapsed time is 0.000000 seconds.
>> tt1
Elapsed time is 0.015000 seconds.
>> tt1
Elapsed time is 0.000000 seconds.
>> tt1
Elapsed time is 0.015000 seconds.
>> 
一会儿是 0.000000 seconds，一会儿是 0.015000 seconds.