感觉这个代码很熟悉的样子……

应该为Matrix实现一个拷贝构造函数。
Matrix(const Matrix&);
用它代替默认的拷贝构造函数。其大致代码如下：

Matrix(const Matrix& other)
{
  rows = other.rows;
  cols = other.cols;
  mem = new int[rows * cols];
  memcpy(mem, other.men, rows * cols * sizeof(int));
}

主要问题还在于operator= 的定义上
bool Matrix::operator = (Matrix &src)
{
    if (rows != src.rows168kan.5d6d.com || cols != src.cols)
    {
        return false;
    }
    for (int i = 0; i < rows * cols; i++)
    {
        mem[i] = src.mem[i];
    }
    return true;
}
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
代码改为如下，编译运行正常
#include<iostream>
using namespace std;

class Matrix
{
    friend  bool Multiply(Matrix &m1, Matrix &m2, Matrix &m3);
public:
    Matrix(int row, int col);
    Matrix(const Matrix& copy);
    ~Matrix() 
    {
        delete[] mem;
    }

    void Print();
    int GetRows() const { return rows; }
    int GetCols() const { return cols; }
    int& operator() (int i, int j);        //"()"运算符的重载
    //bool operator= (Matrix& src);            //赋值运算符"="的重
    Matrix& operator= (const Matrix& copy);
    //Matrix operator = (Matrix &src);    
    Matrix operator* (Matrix&);        //矩阵相乘  
private:
    int rows, cols;
    int* mem;
};

Matrix::Matrix(int row, int col)
    : rows(row), cols(col)
{
    mem = new int[row * col];
}

Matrix::Matrix(const Matrix& copy)
{
    rows = copy.rows;
    cols = copy.cols;
    mem = new int [rows*cols];
    memcpy(mem, copy.mem, rows * cols * sizeof(int));
}

int& Matrix::operator() (int i, int j)
{
    return mem[i*cols + j];
}

/*
bool Matrix::operator= (Matrix& src)
{
    if (rows != src.rows || cols != src.cols)
    {
        return false;
    }
    for (int i = 0; i < rows * cols; i++)
    {
        mem[i] = src.mem[i];
    }
    return true;
}
*/

Matrix& Matrix::operator= (const Matrix& copy)
{
    if (rows != copy.rows || cols != copy.cols)
    {
        throw "Exception Occur!";
    }
    for (int ix = 0; ix < rows * cols; ++ix)
    {
        mem[ix] = copy.mem[ix];
    }

    return *this;
}

Matrix Matrix::operator* (Matrix& m)
{
    Matrix m3(rows, m.cols);        //临时矩阵
    int sum;
    int i, j, k;
    for (i = 0; i < rows; i++)
    {
        for (j = 0; j < m.cols; j++)
        {
            sum = 0;
            for (k = 0; k < cols; k++)
            {
                sum += (*this)(i,k) * m(k,j);
            }
            m3(i,j) = sum;
        }
    }
    return m3;
}

void Matrix::Print()
{
    for (int i = 0; i < rows; i++)
    {
        for (int j = 0; j < cols; j++)
        {
            cout << mem[i*cols + j] << " ";
        }
        cout << endl;
    }
    cout << endl;
}


#include <cstdlib>
int main()
{
    Matrix m1(3,4), m2(4,3), m3(3, 3), m4(3, 3);
    int i, j;
    //设置m1内容
    for (i = 0; i < 3; i++)
    {
        for (j = 0; j < 4; j++)
        {
            m1(i,j) = i + j;
        }
    }
    //设置m2内容
    for (i = 0; i < 4; i++)
    {
        for (j = 0; j < 3; j++)
        {
            m2(i, j) = i + j;
        }
    }

    //m1 x m2 = m3
    m3 = (m1*m2);//有什么问题，这一句？？？？
    m4 = m3;
//////////////////////////////////////////////////////////////////////////
    Matrix m5(m1);
//////////////////////////////////////////////////////////////////////////
    m1.Print();
    m2.Print();
    m3.Print();
    m4.Print();

    m5.Print();

    system("pause");
}
当然最好提供一个copy constructor. :)