楼主，您的代码有几个小问题，您在编译的时候最好打开所有警告信息,有很多错误一看警告就能修改了的。

下面是我在您的代码基础上稍微修改了下：
[code=c]
#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>

#define func() printf("\n%s:%d ", __func__, __LINE__)

FILE *fp_in  = NULL;
FILE *fp_out = NULL;

int init()/*分别以读、写方式打开文件bonus_in，bonus_out*/ 
{
    fp_in = fopen ("bonus_in.txt", "r");
    if(fp_in == NULL)
       return -1;
    
    fp_out = fopen ("bonus_out.txt", "w");
    if(fp_out == NULL)
      return -1;
    
  return 0;
}
void destroy()/*关闭输入输出文件*/ 
{
    fclose(fp_in);
    fclose(fp_out);
}


int main()
{
    int i, j, k = 0, t, M, N;//定义数据库大小N，访问次数M
    int a[100], b[100];
    /* 这里有改动,原来的s并没有给它分配空间,怎能fscanf (fp_in, "%s", s);这样用呢 */
    char  buf[1024], *s = buf;
    
    if (init() == -1){
        /* 打不开文件，只能退出程序咯 */ 
        fprintf (stderr, "\ncan't open file.");
        abort ();
    }
    
    fscanf(fp_in, "%d", &N);
    for(i = 0; i < N; i++)
      fscanf(fp_in, "%d", &a[i]);
      
    for(j = 0; j < N; j++){ 
                        
        for(i = 0; i < N-j; i++){
            
            if(a[i] >= a[i+1])
               {
                 t      = a[i];
                 a[i]   = a[i+1];
                 a[i+1] = t;
               }     
        }
    }   
      
    fscanf (fp_in, "%s", s);
    if (strcmp("###", s) == 0)
    {
       fscanf (fp_in, "%d", &M);
       for (k = 0; k < M; k++)
           fscanf(fp_in, "%d", &b[k]);
    }
    
   /* 这里有改动，原来为
   for(i=0;i<M;i++)
            fprintf(fp_out,"%d",a[b[k]-1]);
   如果上面的if(strcmp("###"..语句执行以后，循环以后， k 的 一直等于 M的值，
   不变，应当改为  fprintf (fp_out, "%d\n", a[ b[i] -1 ]);                    */
    for (i = 0; i < M; i++)
      fprintf (fp_out, "%d\n", a[ b[i] -1 ]);
         
    destroy ();
    return 0;        
}

[/code]

很感谢楼上的，呵呵，主要是新学，还有好多细节的地方不太懂，编起来很难意识到错误，谢谢您，我会努力改正那些毛病