不知道你在说什么，也不知道你在用什么工具或IDE。任何IDE都是一个编辑器、编译器、调试器、连接器和其它工具的集合，只不过自动化程度不同。

举个例子吧，我想在Win32上用g++编译12种排序，有12个main，需要生成12个可执行文件，只有g++(gcc)那同样也是无需逐个打开每个文件用命令行去编译的，可以写个简单的bat文件执行一次就OK了。

如果一个工程很大(下面很多文件夹和子文件夹)但只有一个或多个公共的main，可以用make(gcc)或nmake(VC++自带)，如果你做嵌入式可能会用jam.例如，我们现在做的软件源代码量超过2百万行，就需要make，每个目录下都有一个makefile，请查阅一下make的用法文档。

如果你懒得自己配置那么多东西，也懒得去理会怎么一个编译连接过程，那用VC++就是了，VC++都给你集成在一起了。不过用习惯了VC++，一旦上Linux或类Unix系统那几乎就更睁眼瞎没啥两样。

项目做大了，功能多了，源代码多了，你还免不了弄懂怎么makefile的。无论用VC++还是gcc

CB是Code::Blocks么？

就是以工程为单位的。你如果是两个不同程序，就用不同的工程。

在一个工程里只能有一个main函数，正如正常的程序只能有一个入口一样。