我问了好多人都不会这个，不知道是不屑还是不会。我自己现在是做不动了，不知道怎么继续
我需要在两个文件中找到相同的序列：
文件一如下：
...
>c.jejuni_81-176.pep.fa cjj:CJJ81176_0222 def; peptide deformylase (EC:3.5.1.88); K01462  [EC:3.5.1.88]
MVRKIITYPNPRLFLNSEIVNKFDTELHTLLDDMYETMIASNGVGLAAIQVDIPLRVLLV
NIFNENDEQKKEDLLEIINPEIIPLDEEMITCTEGCLSVPDFFEEVKRYNHILLKYQDRF
GEFKELEAKGFLAVAIQHENDHLNGHLFIEKISFAKRQKFDKEFKKKKKNHKKEK
>c.glutamicum_r.pep.fa cgt:cgR_1649  def; peptide deformylase (EC:3.5.1.88); K01462  [EC:3.5.1.88]
MAVREVRLFGDPVLVSRADEVVDFDESLSTLIDDMFDTMEDAGGVGLAANQVGVLRRVFV
FDTSHQEGGLRGHVINPVWEPLTEDTQTGKEGCLSIPDVSAETTRYETVRLSGQDRDGNP
VGFVANGLLARCIQHETDHLDGVLFLKRLDPAERKAAMGVIRASAWFNK
...
文件二如下：
...
cjj:CJJ81176_0222 peptide deformylase (EC:3.5.1.88)     K01462     175     1139 (    -)     265    0.994    175     <-> 1
cju:C8J_0180 peptide deformylase (EC:3.5.1.88)          K01462     175     1139 (    -)     265    0.994    175     <-> 1
cjr:CJE0184 peptide deformylase (EC:3.5.1.88)           K01462     175     1139 (    -)     265    0.994    175     <-> 1
...
文件内容太多，需要查找显示两个文件中有色部分文字相同的，例如，文件一中蓝色的部分和文件二中的蓝色的部分一样，就输出到屏幕上，请问大虾怎么能办到？ 
上附两个文件