说实话，我很欣赏你的提问方式。所以尽管我对这个问题不感兴趣，但还是给你看上一看。

很遗憾，你没附上你的
j750-user.txt
文件，不好测试。只能拿人脑当电脑用了。

once这个变量是做什么的？

因为不清楚你程序的意图，也联系不上你，先只按照你上面说的三个问题修改，其他虽然明显的问题，我先不改动，都保留你的原样。
可以肯定：
1、修改后，满足你上述三项要求；
2、修改后，不能达到你没有说出来的要求，可能还有你原来能完成，现在不能了。
Private i1 As Long
Private b1 As Long

Private Sub Form_Load()
    Form1.Move (Screen.Width - Form1.Width) / 2, (Screen.Height - Form1.Height) / 2 '窗口居中
    once = False
    Timer1.Enabled = False '所有计时器暂不工作，等待开始命令
    Timer2.Enabled = False
    Timer3.Enabled = False
    Timer4.Enabled = False
    Timer2.Interval = 1000
    Timer3.Interval = 1000
    Timer4.Interval = 1000
    Label6.Caption = ""
End Sub

Private Sub Timer1_Timer()
    Label7.Caption = Time
    Label10.Caption = Time
    Label13.Caption = Time
End Sub

Private Sub Timer2_Timer()
    On Error Resume Next
    Dim x1 As Integer
    Dim s1 As String
    Dim y1 As String
    
    Open "C:\j750-state.txt" For Binary As #1
        Do Until EOF(1)
            Line Input #1, s1
        Loop
    Close #1

    If s1 = "1" Then
        Shape1.BackStyle = 1
        Shape1.BackColor = QBColor(10) '绿色
        Label7.ForeColor = vbGreen
        Timer1.Enabled = True
        If Timer1.Enabled = True Then i1 = i1 + 1
        x1 = Val(i1)
        Label7.Caption = Format(x1 / 86400, "hh:mm:ss")
        'Label7.Caption = (x1 \ 3600) & "：" & ((x1 Mod 3600) \ 60) & "：" & (x1 Mod 60)
        'Label3.Caption = (X \ 3600) & "：" & ((X Mod 3600) \ 60) & "："
    Else
        once = False
        Timer1.Enabled = False
        Open "c:\j750-机时统计.txt" For Append As #1
            Print #1, "----------junpinbu----------"
            Print #1, Date & " | " & " J750  由  " & Label6.Caption; "运行了:" & " "; Label7.Caption
        Close #1
        i1 = 0
        Label6.Caption = ""
        Label7.Caption = ""
        Shape1.BackStyle = 0
                
 '                   Shape1.BackStyle = 1
  '                  Shape1.BackColor = QBColor(12) '红色
   '                 Label7.ForeColor = vbRed
    '                Timer1.Enabled = True
     '               If Timer1.Enabled = True Then b1 = b1 + 1
      '              x1 = Val(b1)
       '             Label7.Caption = Format(x1 / 86400, "hh:mm:ss")
                    'Label7.Caption = (x1 \ 3600) & "：" & ((x1 Mod 3600) \ 60) & "：" & (x1 Mod 60)
                    'Label2.Caption = (X \ 3600) & "：" & ((X Mod 3600) \ 60) & "："
    End If

    Open "C:\j750-user.txt" For Binary As #1
        Do Until EOF(1)
            Line Input #1, y1
        Loop
    Close #1
    
    If y1 = "1" Then
        Label6.ForeColor = vbGreen
        Label6.Caption = "一部"
    End If
    If y1 = "2" Then
        Label6.ForeColor = vbGreen
        Label6.Caption = "二部"
    End If
    If y1 = "3" Then
        Label6.ForeColor = vbGreen
        Label6.Caption = "六部"
    End If
    If y1 = "4" Then
        Label6.ForeColor = vbGreen
        Label6.Caption = "八部"
    End If
End Sub

Private Sub Command1_Click()
    Open "C:\j750-state.txt" For Append As #1
        Print #1, "1"
    Close #1
    Open "C:\j750-user.txt" For Append As #1
        Print #1, Text1.Text
    Close #1
End Sub

Private Sub Command2_Click()
    Open "C:\j750-state.txt" For Append As #1
        Print #1, "0"
    Close #1
    Timer1.Enabled = False '因为你一切工作都在计时器事件里，所以停止应该让计时器停止工作。
    Timer2.Enabled = False
    Timer3.Enabled = False
    Timer4.Enabled = False
    '要清空标签必须有指令！
    Label6 = ""
End Sub